Стебель при основании деревьянисте, округлое, выше - 4-5-гранью, травянистое, высотой в открытом грунте от 25 до 130 см, а в сооружениях закрытого грунта - до 1,5-2,0 м и более. Поверхность его гладкая или опушенная. Стебель стоячее, штамбовых, зеленое. Боковые побеги появляются на высоте 18-22 см от поверхности почвы. По длине боковые побеги на 50% преобладают длину центральных. Разветвления дихотомическое. Размер куста зависит от сорта и условий питания и выращивания. Узлы ветвлений часто с антоциановых окраской.

Листья. Форма листьев перца изменяется с возрастом растений и зависит от условий выращивания. Они просты, нерозсиченные, черешковые, одиночные, яйцевидные, элипсовидная, на верхушке заостренные. Окраска их зеленый, светло-зеленый, темно-зеленые, часто слегка с антоциановых окраской. Количество листьев на растении зависит от сорта (гибрида) и условий выращивания. При достаточной площади питания на одном растении, в зависимости от сорта и условий выращивания, в южных районах может сформироваться до 230-300 листьев, а в сооружениях закрытого грунта - до 700-800 и более.

Цветки обоеполые, мелкие и средние по размеру, гетеростильные. Пыльники расположены вокруг пестика. Развитие плода от опыления цветка до созревания происходит за 25-30 дней, в зависимости от температуры воздуха и освещения. Раскрываются бутоны в дневные часы. Облачная и холодная погода задерживает развитие цветков, что часто приводит к их осыпанию. Венчик цветка спайнолепестный белого или светло-фиолетового цвета. Цветки преимущественно формируются одиночно или соцветием (по 2-6 и более цветков - сорт Винни-Пух). Общее количество цветков на растении за весь период вегетации составляет от 30 до 100 штук и более в зависимости от сорта (гибрида) и условий выращивания. Если плод остается на растении до биологической спелости, то количество цветков уменьшается.

Растения перца факультативно самоопыляющиеся. Цветки его могут опыляться как собственной пыльцой, так и пыльцой с другого растения. Пыльники способны растрескиваться перед вскрытием цветка. В облачную погоду раскрытия пыльников может задерживаться на 10 часов и более, что приводит к осыпанию как бутонов, так и самих цветков. Поникшие цветки и те, которые наклонены в сторону, опыляются преимущественно собственной пыльцой.

Установлено, что рыльце готова к опылению уже за 20-24 часа до вскрытия цветка. Это особенно широко используется в селекции культуры. Пыльца относительно тяжелый и липкий, поэтому переносится ветром на расстояние до одного метра. Стерильные цветки встречаются редко. Они характеризуются как мужской, так и женской стерильностью, которая имеет большое значение в создании гетерозисных гибридов. Цветки, имеющие мужскую стерильность, могут быть и без тычинок, либо в них отсутствуют пыльники. Цветки со стерильными пыльниками белые, щуплые, реже слегка окрашены.

Перекрестное опыление осуществляется также с помощью насекомых (пчел, ос, шмелей, трипсов, муравьев и др.). Поэтому в семеноводстве перца сладкого нужно соблюдать пространственной изоляции 300 м на открытой местности и 100 м - на закрытой. При выращивании перца сладкого пространственная изоляция от горького составляет на открытой местности не менее 2000 м, а на закрытой - 1000 м.

Плод - двух-, четырех гнизда ягода округлой, округло-приплюснутой, яйцевидной, кубовидной, цилиндрической, конусовидной, пирамидальной формы. За внешней поверхностью гладкие, слабоволнистые, бугорчатые, сморщенные, ребристые различной степени. Окраска их зависит от спелости. В технической спелости - светло-зеленые, зеленые, темно-зеленые, молочно-белые, желтоватые, кремовые, фиолетово-зеленые, темно-фиолетовые (почти черные). В биологической - красные, оранжевые, светло-и темно-красные, желтые. По массе плоды разделяют на мелкие (4-10 г), средние (11-50 г), крупные (51-100 г) и очень большие (свыше 100 г). На растениях они размещены вверх, поникло или направлены в разные стороны. Для механизированной уборки наиболее подходящие сорта и гибриды, на растениях которых плоды направлены вверх. По плотности мякоти делятся на нежные, средние и грубые, а за его толщиной - на тонкостенные (до 0,5 см) и толстостенные (0,6-1,0 см), по вкусу - пресные, сладкие, слабоострые и острые.

Семян. На семена плоды собирают только в биологической спелости. Оно плоско-округлые, желтовато-белое. Масса 1000 семян составляет 4,6-6,0 г. В одном грамме насчитывается 200 ± 50 шт. Время хранения - до 4-5 лет при влажности 11%.

По продолжительности вегетационного периода (от появления всходов до технической спелости) сорта и гибриды перца делят на ультраранние (продолжительность до 100 суток), ранние (101-120 дней), среднеспелые (121-135 дней), среднепоздние (136-150 суток ) и позднеспелые (более 150 суток). Период плодоношения составляет в открытом грунте в среднем 42-67 суток, в зависимости от скороспелости сорта или гибрида, а в сооружениях закрытого грунта - 150-300 суток.