Корневая система мочковатая, сильнорозвитая, многоярусная, имеет пять типов корни. Зерно прорастает одним зародышевым корешком. Боковые зародышевые (гипокотильные) корешки разветвляются и вместе с первым зародышевым корешком образуют первичную (зародышевую) корневую систему. Она особенно важна в первые фазы роста - к формированию 6-8 листьев.
Епикотильные корни развиваются на первом междоузлии. Эти корни растут горизонтально, не ветвятся. Роль их в питании растений незначительна.
Основную часть корневой системы составляет узловое корни, образующийся ярусами из подземных стеблевых узлов после появления на растении 3-4 листьев. Наибольшего развития это корень достигает в фазе цветения кукурузы. С нижних надземных стеблевых узлов могут развиваться опорные, или воздушные корни. Основная масса корней (до 60%) находится в пахотном слое почвы, отдельные корни проникают в почву на глубину до 3 м. Лучшее корневая система развивается по плотности грунта 1,1-1,3 г/см3. Стебель кукурузы крепкое, исполнится, имеет до 22 междоузлий и более и столько же листьев.

Листья крупные, с широкими и длинными пластинками. Края пластинок растут быстрее, чем середина, вследствие чего листья становятся волнистыми, что увеличивает их поверхность. Размещаются листки поочередно и поэтому не затеняют друг друга. Количество листков зависит от группы спелости гибрида. Их бывает от 10-12 у раннеспелых до 40 у позднеспелых.

Соцветия у кукурузы двух типов - метелка с мужскими цветками и вилок - с женскими. Метелка состоит из центральной оси и боковых веточек. Колоски двоцветные, расположенные попарно. В метелки формируется 4-10 млн. Пыльцевых зерен, которые разносятся ветром.

Плод - зерновка. Масса 1000 зерен в мелкосеменные сортов 100-150 г, в крупносеменных - 300-400 г. В среднем один кочан имеет 500-600 зерен.

Подвиды кукурузы. За внешней и внутренним строением зерна, кукуруза подразделяется на семь основных подвидов.
Сорта и гибриды зубовидной кукурузы относительно позднеспелые. Кремнистая кукуруза отмечается высокой холодостойкостью, может иметь как очень ранние, так и очень поздние гибриды. Крахмалистая кукуруза более теплолюбивая. Сахарная кукуруза возникла как мутант зубовидного и кремнистых сортов, ее посевы расширяются. Содержит большее количество сахара, жира, белка чем другие подвиды. Развратная-наиболее древний подвид. При жарке зерно растрескивается, образуя белые хлопья, имеет две формы: рисовая с заостренными зерновки и перловая с округлыми зерновки. Подвид восковидной кукурудзы сравнительно недавно в культуре. Внешняя часть эндосперма непрозрачная и по внешним признакам через свой матовый оттенок похожа на воск. Выращивается для получения декстрина.