Корневая система сои стержневая. Главный корень сравнительно короткий, от него в верхней части отходит большое количество длинных боковых корешков, которые составляют около 60% массы корневой системы. Корни могут проникать на глубину до 2 м. Основная масса корней находится в пахотном слое почвы.
Лестницы имеют две семядоли, которые во время прорастания семян выходят на поверхность почвы, что ограничивает глубину заделки семян.
Стебель прямостоячий, сильно ветвистый, опушенный. Зависимости от того, под каким углом отклоняются ветки от главного стебля, куст бывает сожму ний, полуразвесистый, раскидистый.
Листья сложные тройчатые, опушенные.
Цветки мелкие, почти без запаха, венчик белого или фиолетового цвета, на коротких цветоножках, размещаются в пазухах листьев. Соя - самоопыляемое растение, цветки раскрываются после оплодотворения.
Бобы прямые, изогнутые или промежуточные, разной величины (3-6 см). Окраска светло, коричневые, бурые, содержат 2-3 семени. Высота прикрепления нижних бобов над поверхностью почвы - от 2-3 до 20-25 см. Все растение сои (стебель, листья, плоды) опушенная. Окраска опушения рыжевато-белое. Glycine hispida - с греческого языка гликос - сладкий, а гиспида - опушенная.
Семена желтые, коричневые, черные и зеленые. По форме шаровидные, овальные, продолговатые. Масса 1000 семян от 50 до 425 г. Семядоли желтые или зеленые. Они составляют около 90% массы семени.